Bảo mật: Khi tham gia vào thương mại điện tử nghĩa là hệ thống được kết nối vào mạng toàn cầu. Do đó, hệ thống có thể bị tấn công bất cứ khi nào nếu không có một cơ chế bảo mật chặt chẽ.
Ngòai ra, thông tin được truyền trên Internet đi qua nhiều chặng nên khó kiểm soát và dễ bị tấn công từ bên ngoài. Vì vậy, thông tin truyền đi cần phải được mã hóa bởi bên gửi và bên nhận phải có cách giải mã để nhận thông tin.
Xử lý tự động: Trong việc kinh doanh thương mại điện tử, thời gian vô cùng quan trọng. Do đó, những công việc được lặp đi lặp lại hàng ngày cần được xử lý tự động. Nhờ đó, công việc sẽ được thực hiện nhanh, giảm được số lượng lớn nhân viên, giảm được chi phí.
Trong vấn đề xử lý tự động, ta cần phải phân chia công việc thành các giai đoạn xử lý sao cho phù hợp. Các giai đoạn cần phải độc lập, tuần tự và dễ dàng trao đổi dữ liệu giữa các giai đoạn.
Thanh toán điện tử: Trong thương mại điện tử nói riêng, vấn đề thanh toán là tối quan trọng. Do đó, cần phải có phương thức thanh toán phù hợp, hiệu quả, khách hàng tin cậy và hài lòng vào phương thức thanh toán. Ðồng thời cần phải bảo mật tối đa các thông tin thanh toán của khách hàng. Hình thức thanh toán cũng tùy thuộc vào đối tượng thanh toán: hình thức thanh toán giữa cá nhân mua hàng trên các site siêu thị điện tử sẽ khác hình thức thanh toán giữa các công ty với nhau
