Có thể nói các hạn chế của thương mại điện tử hiện tại là: Thanh toán vẫn chưa được trực tuyến. Nguyên nhân chính là do :
Một là: hạ tầng CNTT của các tổ chức cung cấp phương tiện thanh toán tại Việt Nam (Ngân hàng, cổng thanh toán) chưa sẵn sàng. Các ngân hàng trước đây còn rất e dè khi cung cấp dịch vụ thanh toán trực tuyến (qua Internet hoặc di động).
Hai là: các phương tiện thanh toán như các loại thẻ của Ngân hàng tuy đã phát triển nhanh về lượng nhưng thiếu các phương tiện hỗ trợ (xác thực khi thanh toán), các dịch vụ tiện ích hoặc chưa đảm bảo tính bảo mật cần thiết cho phép triển khai thanh toán tức thời.
Ba là: Thói quen dùng tiền mặt của người tiêu dùng. Đồng thời, người tiêu dùng cũng chưa có nhận thức đúng đắn và đầy đủ về các dịch vụ thanh toán điện tử. Một số người dùng Việt Nam còn ăn cắp thông tin chủ thẻ của người khác để giả danh mua hàng tạo ra dư luận không tốt về tính an toàn của việc thanh toán qua mạng.
Tuy nhiên, các vấn đề trên đang ngày càng được khắc phục. Và tại Việt Nam đã xuất hiện nhiều hình thức thanh toán đa dạng như: thanh toán qua SMS, điện thoại, …
Thanh toán qua mạng tại VN: Trong môi trường làm ăn cạnh tranh như hiện nay DN rất cần có những công cụ giao dịch hiệu quả hỗ trợ việc kinh doanh như thanh toán qua mạng, trong khi đó DN lại không thể chủ động hoạt động trong lĩnh vực này. Ở VN hiện có một số phương thức thanh toán đang được áp dụng đó là trả tiền mặt khi giao hàng, mở tài khoản ở nước ngoài để nhận tiền trả bằng thẻ tín dụng, chuyển khoản qua Ngân hàng, gửi tiền qua Bưu điện, chuyển qua hệ thống chuyển tiền quốc tế, phát hành thẻ trả trước. Với chừng ấy phương thức thanh toán, vẫn chưa đủ khi thiếu hình thức thanh toán trựctuyến.
Đáng chú ý hơn, nếu không có biện pháp quản lý Nhà nước có thể bị thất thu thuế tiền tỷ nếu DN chọn giải pháp nhờ người trung gian mở tài khoản ở nước ngoài. Ngoài ra, khai thông thương trường thương mại điện tử cũng là cách khẳng định vị thế của thương hiệu VN, hòa mình vào sân chơi toàn cầu.